Câu chuyện lấy bối cảnh sau sự kiện "Undertale", toàn bộ quái vật đã được tự do nhưng Frisk lại tiếp tục Reset (thiết lập lại thế giới), thay vì là 1 "True Reset" thì Frisk lại sử dụng nhầm "Glitch Reset", khiến cho toàn bộ mội thứ quay về trước thời điểm mà Chara rơi xuống Underground, và tại đây Frisk lại tiếp tục cuộc hành trình của mình